Ogni tipo di raccolta provoca inevitabilmente danni, seppur lievi, alla polpa delle olive (ammaccature e/o abrasioni) operati, sia dalle modalità di distacco sia dall’impatto dei frutti con le reti poste sul terreno. Gli effetti si traducono in uno scadimento qualitativo dell’olio, proporzionale alla loro entità ed alla eventuale conservazione dei frutti prima della molitura. La raccolta agevolata con i pettini pneumatici, per la modalità con cui viene indotto il distacco e per il calpestamento talvolta operato dagli addetti, provoca leggeri danni alle olive, particolarmente in cultivar con frutti piccoli ed elevata resistenza al distacco, dove è prolungata la loro azione. Per questo motivo è raccomandabile eseguire al più presto le operazioni di molitura. 

La necessità di salvaguardare le caratteristiche compositive degli oli così come presenti nel frutto, impone l’adozione di tecniche di recupero rispettose della integrità della polpa. L’adozione di reti posizionate sottochioma durante l’esecuzione di ogni tipo di raccolta semplifica di molto il recupero dei frutti. Anche i teli per la intercettazione in terra sono sempre più leggeri, resistenti e con dimensioni anche notevoli per essere posizionati in un lungo tratto di interfila e non più sotto ogni singolo albero. Gli stessi sono in grado di sopportare anche il transito delle macchine operatrici ed i frutti possono essere recuperati mediante apposite macchine che avvolgono il telo e convogliano i frutti in appositi contenitori. Tutti questi progressi si traducono nel massimo rispetto della integrità strutturale della polpa e della composizione dell’olio, che potrà quindi essere conservata inalterata, così come presente nella sua sede di origine. 

Un altro punto critico del processo di estrazione meccanica dell’olio è rappresentato dalla gramolatura. Le gramolatrici sono costituite essenzialmente da una vasca in acciaio inox munita di intercapedine per la circolazione dell’acqua, contenente all’interno uno o due bracci variamente sagomati, deputati ad un lento rimescolamento della pasta di olive. Questa operazione, unitamente al riscaldamento della pasta (25-35 °C) provoca la rottura dell’emulsione acqua-olio, consentendo alle goccioline oleose di riunirsi in gocce più grosse che si separano facilmente dalla fase acquosa nel successivo processo di estrazione. I meccanismi che spiegano il fenomeno sono diversi, ma il più importante è sicuramente quello dell’ossidazione delle sostanze fenoliche. Durante la fase di gramolatura, infatti, la concentrazione di queste sostanze diminuisce consistentemente nelle paste, negli oli e nei sottoprodotti dell’olio, proporzionalmente al tempo ed alla temperatura di processo. La perdita di questi composti, imputabile alla combinazione di un’ossidazione enzimatica e di una autocatalitica, si traduce, come precedentemente descritto, in una perdita del valore salutistico dell’olio ed in una modificazione delle sue caratteristiche gustative. L’uso di gas inerti atti a ridurre il contatto delle paste di olive con l’ossigeno atmosferico nella fase di gramolatura può rappresentare un elemento interessante per ridurre i processi di ossidazione. Va infatti osservato come la sostituzione dell’aria (contenete ossigeno) con un gas inerte quale l’azoto sopra la pasta in fase di gramolatura, può essere applicato per regolare il tempo di esposizione all’aria della paste di olive. Parametro questo che permette di controllare i processi di ossidazione in modo da incrementare le sostanze fenoliche senza ridurre i composti volatili responsabili dell’aroma dell’olio

La fase di stoccaggio rappresenta un ulteriore punto critico del processo di estrazione e condizionamento dell’olio vergine di oliva. Una serie di ricerche svolte in questo settore hanno evidenziato come le condizioni migliori di stoccaggio si hanno mantenendo gli oli a temperature costanti comprese tra i 12 ed i 15 °C, in modo da ritardare i processi di alterazione quali l’inacidimento e l’ossidazione. Il modo migliore per evitarlo è limitare al massimo il contatto dell’olio con la luce, per cui sono consigliabili vetri scuri che, però, non lasciano intravedere il colore dell’olio al consumatore. Più propriamente, può essere utilizzato vetro chiaro corredando però la bottiglia con un astuccio in cartone